とりあえず雑誌や任天堂のホームページから情報を集めてみました。
画像はこちらで確認してください。
「ゼルダの伝説　ふしぎの木の実」特集のページも任天堂のページにありました。

＜ ソフト情報 ＞
■時空の章
　･発売日 2001年2月27日予定
　･機種　 GBC
　･価格　 3800円

■大地の章
　･発売日 2001年2月27日予定
　･機種　 GBC
　･価格　 3800円

＜ ストーリー ＞
時空の章
過去と現在を行き交う
歌姫ネールを保護するために、リンクは乳母のインパとともに、ラブレンヌ地方の森を旅していた。
美しい歌声に引かれて森の奥へ進むと、動物たちに囲まれて歌うネールと出会った。
彼女の本当の姿は、時を司る「時の巫女ネール」。
歌声に聴き入っていたリンクだが、突如として巨大な影が現れた！
その影の正体は闇の司祭ベラン。
ベランはネールの持つ「時の力」を悪用し、己の野望のために世界を過去から破壊しようと企んでいたのだ。
ベランはネールに取り憑いてしまい、リンクは全く手出しできない。
そうするうちに、ベランは時の彼方へと姿を消していった。

大地の章
四季のロッドで謎を解く
冒険の途中で、リンクは美しい踊り子「ディン」と出会い、楽しいひとときを過ごしていた。
しかし、突然巻き起こった竜巻がディンを連れ去ってしまった。
闇将軍「ゴルゴン」のしわざだ！
竜巻が消えると、大地の春夏秋冬が次々に移り変わるという異変に襲われた。
連れ去られたディンと、大地を異変から救うため、リンクの冒険が始まる。

任天堂ページでのストーリー紹介文
ふしぎな力に導かれたリンクは、
旅芸人の一座と旅をする美しい少女に出会う。
少女の名は踊り子「ディン」。

楽しい時間もつかの間、突如として空は闇におおわれ、
まき起こった巨大な竜巻がディンを連れ去ってしまう。

「見つけたぞディン。我が名は闇将軍ゴルゴン。
きさまの正体は大地の巫女だ！」

謎の言葉を残し竜巻が消え去ると、
うねりとともに季節が乱れ　
春夏秋冬が次々に変化する異変が大地を襲いだした。

闇将軍ゴルゴンとは？大地の巫女とは？
連れ去られたディンを救うため、リンクの冒険が始まる。

＜ キャラ紹介 ＞
ディン：勝ち気で活発な性格の、人気の踊り子。ある重要な使命を背負っている。大地の巫女。
ネール：時の巫女。
ベラン：ネールに取り憑く。闇の司祭。
ゴルゴン：全身にヨロイをまとった謎の強敵。野望のためにディンを連れ去る。闇将軍。
アンビ女王：市民から慕われているようには見受けられない。住民を酷使してまで「暗黒の塔」を建てる目的は？
メイプルちゃん：たびたび現れてはリンクとアイテムの争奪戦をする女の子。
リッキー：素早い動きと強烈なパンチでリンクを助ける、頼もしい仲間だ。
ウーラ族：謎の世界に住む、マントで身をつつんだのんきでふしぎなひとたち。
幽霊船長：砂漠にうち捨てられた廃船の主。思い残したことがあって、成仏できないらしい。

おなじみキャラたち
リンク
ゼルダ姫
マロン
タロン
ゴロン族
ジャブジャブ様
ゾーラ様
チンクル

モンスター系
オクタロック：シリーズでおなじみのタコの姿をしたキャラクタ。たいして強くはないが、口から吐き出される岩に注意しよう。
バズブロブ：「夢をみる島」にも登場していたモンスター。あまり強そうには見えないが、リンクが攻撃すると思わぬ反撃を受ける。
ドクロナイト：剣を持ったガイコツ兵士。正面から攻撃しても剣で弾かれてダメージをあたえられない。左右に回り込んで攻撃しよう。
フロアマスター：シリーズおなじみの、巨大な手のキャラクタ。つかまれると入り口に放り出されてしまうので、あまり接近しないように。
ライクライク：リンクをまるごと飲み込もうとするキャラクタ。もし飲み込まれてもダメージは受けないが、盾を持っていると・・・。
デクナッツ：N64版おなじみの植物型キャラクタ。地中から突然顔を出し、口からデクの実を吐き出して攻撃してくる。
コトン：リンクが近づくと、押しつぶそうとして落下してくる。つぶされないよう、落ちてくる前に走り抜けてしまおう。
アクオメンタス：ダンジョンのボスの巨大なドラゴン。リンクめがけて3方向ビームを放つ。正面に立つと危険。
コッコ：おなじみのニワトリキャラ。仕返しには要注意。
ココッコ：まだヒヨコのような小さいコッコ。仕返しには要注意。

＜ リンクシステム ＞
1本目をクリアしたときに表示されるパスワードを、2本目のゲーム開始時に入力することによって、
新規イベントが発生したり、スタート時のリンクの装備や能力がアップする仕組み。
2種類のうち、どちらから始めてもいいし、2本目をクリアしたときのパスワードを1本目に入力することで、
1本目を更に深く楽しむことも可能になっている。

・前章で入力したプレイヤー名がそのまま引き継がれる。
・単独でプレイしたときには発生しない、専用のイベントが発生する。
・ふつうならスタート時はハートの最大値が3だけど、これが4となる。
・前章で登場したキャラが、ゲストとして登場する。
・シナリオが前章の続きとなり、いくつかのイベントが変化する。
・ふつうはスタート時に何も持っていないか、L1の剣と縦を持っている。

その他
ホロドラム地方、ラブレンヌ地方、ハイラル王国の3つが存在。
ハイラル王国にはゼルダ姫がいて、今作では2人の巫女を守るという立場。